「メール通知パスワード」機能ではなく、「ワンタイムパスワード」機能を使いたいのですが、変更はできますか？

変更は可能です。
インターネットバンキングサービスへログイン後、サービスメニュー「その他の設定変更手続き」より「ワンタイムパスワード」ボタンをクリックし、ワンタイムパスワードアプリの登録を行ってください。「ワンタイムパスワード」機能のご利用が開始されますと、「メール通知パスワード」機能は自動的に停止します。